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El grupo de investigación de Simulación y Modelización Molecular (MSiM) de Sofía Calero realiza investigaciones centradas en el estudio y diseño de materiales nanoestructurados y moléculas complejas. Con la ayuda de simulaciones moleculares, el grupo pretende proporcionar una base sólida para el desarrollo de nuevos materiales multifuncionales de adsorción/absorción, energéticos y de transporte y reacción de gases y líquidos. El grupo está interesado en procesos que, combinados con el control a nivel molecular, tendrán implicaciones de gran alcance, tanto en la ciencia básica como en las aplicaciones tecnológicas.

El grupo MSiM aborda las limitaciones actuales en la simulación de isotermas de adsorción, propiedades de difusión, energía de adsorción (y absorción), transporte y reacción de gases y líquidos (por ejemplo, división de agua, disociación de dióxido de carbono, producción de hidrógeno, purificación de gas natural y biogás).

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Se sabe que las variantes en el número de copias (CNV), en particular las deleciones hemicigóticas, causan ROHs espurios. Sin embargo, estudios anteriores han demostrado que el impacto de realizar una llamada de ROH con o sin CNVs es sólo del 0,3% de la longitud total de ROH28. Para evaluar el impacto de las supresiones de VNC, también realizamos la llamada de ROH tras eliminar las supresiones comunes de VNC extraídas de la Base de Datos de Variantes Genómicas (DGV) (http://dgv.tcag.ca/)29. El mismo ejercicio se llevó a cabo tras eliminar las VNC detectadas en el conjunto de datos [email protected] En el material suplementario se ofrece una descripción más detallada de la llamada de CNV.3-Identificación de ROHs de consensoLos ROHs de consenso se definieron como segmentos superpuestos entre ROHs individuales observados en diferentes individuos, con una coincidencia de segmento de ADN de al menos el 95% para los marcadores SNP no ausentes. La llamada de ROH de consenso se realizó utilizando PLINK 1.9. Para evitar la detección de ROHs falsos positivos, se extrajeron aquellos ROHs de consenso con una longitud >100 Kb y >3 SNPs.4-Análisis

La asociación entre el fenotipo y los ROHs de consenso se exploró utilizando un modelo logístico, para los ROHs en o cerca de loci de EA previamente identificados extraídos de de Rojas et al.30 y los ROHs de no EA. El modelo se ajustó por cohorte, y las cuatro primeras PC como covariables para el análisis posterior. También se calcularon modelos de covariantes ajustados por edad y género, además de por cohorte y PCs. Los resultados basados en la regresión se corrigieron para las pruebas múltiples utilizando una corrección de Bonferroni.

Carrito de Galileo

Se dispone de poca información sobre la ocurrencia y la variabilidad genética del parásito protozoario entérico Giardia duodenalis, causante de diarrea, en las comunidades indígenas de Brasil. Este estudio epidemiológico transversal describe la frecuencia, los genotipos y las asociaciones de riesgo de este patógeno en la población de Tapirape (Amazonia brasileña) en cuatro campañas de muestreo durante 2008-2009. Se utilizó la microscopía como prueba de cribado, y ensayos moleculares (PCR y secuenciación de Sanger) dirigidos a la subunidad pequeña del ARN ribosomal, la glutamato deshidrogenasa, la beta-giardina y los genes de la triosa-fosfato isomerasa como métodos de confirmación/genotipificación. Las asociaciones entre G. duodenalis y las variables sociodemográficas y clínicas se investigaron mediante la prueba de Chi-cuadrado y modelos de regresión logística univariables/multivariables. En total, participaron en el estudio 574 individuos pertenecientes a seis tribus, con tasas de prevalencia de G. duodenalis que variaban entre el 13,5 y el 21,7%. La infección se relacionó positivamente con la edad y la tribu más jóvenes. Los niños infectados por G. duodenalis mostraron una elevada diversidad genética. No se demostró ninguna asociación entre el conjunto y la edad o la aparición de diarrea. Estos datos indican que la fuente de infección más probable fue la antropogénica y que en la transmisión del parásito pueden intervenir diferentes vías (por ejemplo, el agua de bebida).

Barco Barado por mal tiempo en desembocadura Río Maipo

Sofía Calero dirige el grupo de Simulación y Modelización de Materiales en el Departamento de Física Aplicada de la Universidad Tecnológica de Eindhoven (TU/e). El grupo se centra en la aplicación de la simulación para las energías renovables y la eficiencia energética, y en el desarrollo de campos de fuerza, algoritmos y métodos de simulación para la ingeniería inversa de las propiedades de los materiales.     Una de las señas de identidad de la investigación de Calero es tender un puente entre la física-química computacional y la industria. Una parte importante de su actividad investigadora se lleva a cabo en estrecha colaboración con grandes y pequeñas industrias que se benefician de los conocimientos y las transferencias científicas que desarrolla su grupo. Juntos, utilizando técnicas avanzadas de simulación, están desentrañando con éxito muchos mecanismos relacionados con materiales nanoestructurados multifuncionales.     Calero es una autora, editora y organizadora prolífica, y una de las creadoras del software RASPA (software de simulación molecular para la adsorción y la difusión en materiales nanoporosos flexibles) y de iRASPA (software de visualización acelerada por GPU para científicos de materiales).El cambio es inherente a la vida y al progreso. Como científico tengo la increíble oportunidad de formar parte de él.

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